En novembre 1996, toute l'Eglise a célébré l'anniversaire de l'ordination sacerdotale du pape Jean-Paul II. Celui-ci prit alors la décision de restaurer la chapelle Redemptoris Mater du Palais Apostolique grâce au présent qu'il lui avait été fait par le Collège Cardinalice pour que "l'oeuvre reste au sein du Vatican"*. La restauration eu lieu de fin 1996 à novembre 1999. Dans l'esprit du Saint-Père celle-ci devait être embellie afin que soit visible la rencontre entre Orient et Occident. Il formula ainsi ce voeu : "Elle deviendra ainsi un signe de l'union de toutes les Eglises par vous représentées au sein du Siège de Pierre. Elle prendra en outre une particulière valeur oecuménique et constituera une présence significative de la tradition orientale au Vatican".

La chapelle précédente, la chapelle Mathilde, avait été rebaptisée Redemptoris Mater au cours de l'Année Mariale 1987-88, caractérisée par une intense présence de l'Orient à Rome, contribuant à réaliser le désir du Pape de promouvoir une vision de l'Eglise respirant avec ses deux poumons : l'Orient et l'Occident.

La troisième restauration complète de la chapelle Sixtine fut terminée à la même époque. Elle est l'un des lieux qui rappelle l'humanisme de la Renaissance avec les puissants personnages de Michel-Ange dans la voûte et le Jugement Dernier, qui ont leur origine en Dieu. L'iconographie de la chapelle renvoie aussi à une grandeur de l'Homme beaucoup plus importante car il est avant tout créature de Dieu et donc fait à son image. Plus encore que la création, le thème développé est celui de l'Incarnation du Fils de Dieu, qui a exalté la nature humaine jusqu'à l'apparenter à la nature même de Dieu. 
Les mosaïques de la chapelle Redemptoris Mater soulignent et amplifient ce thème. A travers l'Incarnation du Christ, l'homme remonte jusqu'à la vie intérieure de Dieu, dans la Sainte Trinité. 
C'est à la Mère de Dieu** que sont dédiées les deux chapelles, restaurées à la veille du Grand Jubilé de l'Incarnation*** où, avec le Christ, est célébrée celle qui est l'"Alma Redemptoris Mater"****.

La chapelle Redemptoris Mater met en exergue certains thèmes chers au magistère pastoral de Jean-Paul II et en premier lieu l'oecuménisme. Les mosaïques qui l'ornent célèbrent l'histoire du Salut, qui devient visible à travers des épisodes et personnages de l'Ancien Testament, les mystères de la vie du Christ, des saints et saintes de l'Eglise de tous les temps et martyrs du XXe s. et par la présence discrète mais significative des témoins de la foi d'autres Eglises et communautés chrétiennes.
Cette chapelle est aussi un lieu de dialogue entre Orient et Occident et les mosaïques qui la décorent semblent commenter une expression du Bienheureux Jean-Paul II dans sa lettre apostolique Orientale Lumen : "Les paroles de l'Occident ont besoin des paroles de l'Orient pour que la Parole de Dieu dévoile toujours plus ses insondables richesses." 
Pour concrétiser ce projet, la conception et la réalisation des mosaïques ont été confiées au Centre Ezio Aletti de l'Institut Pontifical Oriental, qui a pour but de valoriser la rencontre entre l'Orient et l'Occident chrétiens en théorie et à travers la collaboration effective d'hommes et femmes qui travaillent ensemble.

Cette chapelle est aussi une invitation implicite à ouvrir un dialogue entre art, culture et foi, thèmes dont la pensée du Bienheureux Jean-Paul II se faisait souvent écho.

* Bienheureux Jean-Paul II.
** Theotokos, Mère de Dieu, pour les catholiques c'est Marie mère de Jésus, Dieu incarné.
*** Jubilé ou Année Sainte de l'an 2000.
**** Sainte Mère du Rédempteur, le Christ.

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